Etap 2 certyfikacji zazwyczaj odbywa się w ciągu jednego tygodnia po ukończeniu etapu 1. Jest on przeprowadzony zgodnie z planem auditu przedstawionym pod koniec etapu1.

Podczas etapu 2 certyfikacji wykonuje się audit organizacji na zgodność z systemem zarządzania opisanym w dokumentacji systemowej przez zebranie obiektywnych dowodów. Równie ważnym kryterium auditu jest weryfikacja zgodności, które zostały określone w odpowiednich normach.

Etap 2 auditu certyfikującego zwykle składa się z:

• Spotkania otwierającego,
• Rozmów z pracownikami,
• Weryfikacji zapisów,
• Przeglądu wyników auditów wewnętrznych,
• Wizyty w oddziałach lub miejscu świadczenia usługi, jeśli jest to konieczne,
• Spotkania zamykającego.

Czego zatem szuka auditor? Auditor chce zobaczyć niepodważalne dowody w formie pisemnej (elektronicznej lub papierowej) na to, że określone zadanie jest wykonywane prawidłowo. Procedury i instrukcje interesują go w mniejszym stopniu chyba, że są niezbędne do wykonania prawidłowo pracy.

Podczas auditu ogólnie rzecz ujmując, auditor analizuje system zarządzania i poszukuje odpowiedzi na pytanie:
"Co zaplanowano by zarządzać firmą, mając na celu zadowolenie klienta/bezpieczeństwo informacji/ciągłość działania itp.?".

Auditora interesuje sposób, jaki kierownictwo opracowało, aby unikać, zapobiegać oraz usuwać błędy. Auditor jest także zainteresowani planem, jaki kierownictwo opracowało by firma odnosiła sukcesy. Auditor chce więc poznać sposób wyznaczania celów oraz metod ich realizacji.

W ISOQAR z doświadczenia wiemy, że przyjęcie nowego sposobu zarządzania nie jest łatwym krokiem. Zdajemy sobie sprawę, że kierownictwo potrzebuje zazwyczaj około trzech lat na całkowite wdrożenie nowego podejścia. Oparte jest ono na bazie najlepszych elementów starego systemu, który wymaga ulepszenia procesów oraz wyszkolenia i przygotowania ludzi do zmieniających się warunków.

Nasi auditorzy są przygotowani do prowadzenia obserwacji działań firmy, jak i omawiania z kierownikami i dyrektorami treści systemu. Auditor zazwyczaj poświęca 50% swojego czasu na obserwacje i rozmowę z pracownikami. W tym czasie sugerujemy aby auditorowi towarzyszył tylko przedstawiciela kierownictwa. Pozwala to na uniknięcie zbędnego stresu przez rozmówcę.

Mamy świadomość, że pracownik jest pierwszą osobą, która wie, czy dana czynność jest wykonywana prawidłowo. Auditor chce zobaczyć jak wyglądają procesy i działania mające zapewnić, że klient otrzyma tylko dobre produkty, czyli te, które zamówił.

Pod koniec etapu 2 auditor sporządzi raport oraz podsumowuje swoje obserwacje i przedstawia je na spotkaniu zamykającym, które odbywa się ostatniego dnia auditu. Może się zdarzyć, że podczas auditu wykryte zostaną powazne niezgodności i defekty w funkcjonowaniu systemu zarządzania. Auditor może wówczas zwołać spotkanie z kierownictwem przed spotkaniem zamykającym w celu ich omówienia. Standardowo na spotkaniu zamykającym auditor przedstawia naturę i wagę wykrytych niezgodności dlatego też jest to powód aby obecni byli wszyscy kierownicy, właściciele i przedstawiciele zarządu. Wyniki z auditu są zapisane w raporcie z auditu.

Wydanie certyfikatu nastąpi po pozytywnym przejściu auditu oraz po uregulowaniu przez Klienta płatności za wykonaną usługę.